Pemanfaatan sumber daya ikan yang optimal dan tidak melampaui daya dukung (carrying capasity) lingkungan perairan maka perlu pengendalian tidak saja dari sisi input control tetapi juga ouput control. Salah satunya dengan penerapan kuota penangkapan ikan. Melalui Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 11 tahun 2023 dan Permen KP Nomor 28 tahun 2023, Pemerintah (KKP) menerapkan kebijakan Penangkapan Ikan terukur (PIT) berbasis kuota pada tahun 2025. Diharapkan dengan penerapan PIT berbasis kuota nantinya, setiap upaya penangkapan oleh pelaku usaha perikanan tangkap berdasarkan kepada kuota penangkapan ikan yang telah ditetapkan Pemerintah.

Direktorat Pengelolaan Sumber Daya Ikan (PSDI) melalui pendanaan hibah GEF 6 CFI Indonesia melaksanakan pertemuan pembahasan penghitungan kuota penangkapan ikan. Pertemuan tersebut bertujuan melakukan simulasi produktivitas kapal penangkap ikan dari sumber data yang tersedia (Dit. KAPI, Dit. PDK dan Dit. Kepelabuhanan Perikanan); melakukan simulasi perhitungan kuota penangkapan ikan per kapal; serta menjajaki alternatif untuk penentuan besarnya kuota penangkapan ikan dengan pendekatan catch limit.

Menurut Dr. Ridwan Mulyana Direktur PSDI, dalam hal terdapat potensi sumber daya ikan dan jumlah tangkapan yang diperbolehkan belum ditetapkan oleh Menteri dan RFMO, potensi sumber daya ikan dan jumlah tangkapan yang diperbolehkan ditentukan berdasarkan analisis data historis ikan hasil tangkapan. Tentunya dengan mempertimbangkan prinsip kehati-hatian. Lebih lanjut Ridwan menegaskan tentang pengaturan kuota penangkapan ikan ini akan memperhitungkan kuota industri, kuota nelayan lokal dan kuota kegiatan bukan untuk tujuan komersial yang dimanfaatkan dalam periode 1 (satu) tahun musim penangkapan dan selanjutnya ditetapkan melalui Keputusan Menteri Kelautan dan Perikanan.  

Hasil dari pertemuan tersebut menyepakati dan merekomendasikan beberapa poin penting, yakni: (i) Berdasarkan penyusunan grafik potensi sumber daya ikan, JTB, produksi 5 tahun (data statistik), dan rerata produksi diketahui bahwa terdapat angka produksi kelompok jenis ikan yang telah melampaui angka JTB dan bahkan angka potensi; (ii) Berdasarkan pada pasal 20 dan pasal 27 Permen KP Nomor 28 Tahun 2023 menyebutkan bahwa kuota industri dan kuota nelayan lokal untuk tahun pertama dihitung berdasarkan ukuran kapal penangkap ikan yang telah direalisasikan dikalikan dengan produktivitas kapal penangkap ikan, kemudian di tahun berikutnya dapat menggunakan historical catch; (iii) Hasil simulasi penghitungan produktivitas kapal penangkap ikan; (iv) Hasil simulasi penghitungan kuota penangkapan ikan per zona per WPP per kapal; (v) Penerapan kuota disarankan untuk dilakukan secara bertahap berdasarkan pada zona penangkapan ikan tertentu atau dengan pendekatan komoditas sumber daya ikan (misalnya tuna dan udang) dan untuk kuota industry; (iv) Usulan tahapan penerapan kuota penangkapan ikan yakni untuk Kuota industri pada komoditas ekonomis penting, dengan pendekatan alat penangkapan ikan dengan target tuna (pukat cincin dan rawai tuna), udang (jaring hela udang berkantong) dan cumi serta Pendekatan lokasi modelling di zona 3.