Kelembagaan masyarakat adat adalah sebuah struktur yang mengatur hajat hidup masyarakat pesisir. Tatanan kelembagaan masyarakat adat pesisir selama ini masih begitu kuat, sehingga ajarannya masih dihormati dan berlaku. Namun modernisasi, masuknya Pemerintahan Desa, dan keengganan anak-anak muda untuk mengikuti ajaran nenek moyang, mengakibatkan ajaran kelembagaan adat pesisir semakin tergerus dan dilupakan. Padahal kelembagaan masyarakat adat adalah kekayaan budaya dan sejarah yang tidak ternilai, dan menjadi kunci keberlanjutan di masa depan.
Pada WPP 717 (Kabupaten Teluk Wondama), kelembagaan adat yang telah secara turun temurun diturunkan dari para leluhur masing-masing. Pada wilayah Site Project GEF6 tersebut, semua Kampung memiliki lembaga adatnya masing-masing yang masih cukup kuat dan mengikat. Kelembagaan adat tersebut hingga saat ini masih memiliki hukum dan aturan masing-masing, salah satunya adalah larangan dalam memberikan perlindungan kepada ekosistem.
Larangan ini dinamakan sasi yang dikenal secara luas dan menjadi acuan bagi masyarakat dalam menjaga sumberdaya pesisir berbasiskan kearifan lokal. Terutama karena upaya tersebut berasal dari inisiatif masyarakat, sehingga tidak diperlukan upaya untuk meningkatkan kesadaran, namun yang mereka nyatakan butuhkan adalah dukungan untuk mengembangkan pengelolaan perikanan berbasis adat masyarakat pesisir tersebut.